天下を統一した徳川家康が病に倒れた。老中・土井利勝は将軍・秀忠と家康の元に駆けつける。死の際に、家康はある秘事を告げる。
「利勝は、わしの隠し子だ。」この日から利勝は、家康の遺志を継ぎ、徳川の太平のためには、“鬼”にもなると誓う。
家康の死後、三代将軍の跡目争いが激化。再び世は天下騒乱の気運が･･･。家光を支持するのは、利勝と乳母の春日の局。弟の忠長には、母・お江与と利勝の政敵・本多正純がつく。忠長を溺愛する母とそれに倣う父・秀忠。両親の愛を受けたいと、人一倍学ぶ家光だったが、逆にそれが疎ましさを増していた。この争いに乗じて、奥州の異端児・伊達政宗、阿波の古狸・蜂須賀蓬庵（小六の子）、故太閤秀吉の子飼いの福島正則らが、脆弱な徳川幕府を転覆させようと眼を光らせていた…。
「剣に生きたい」。柳生十兵衛は、利勝の右腕として政治に没頭する父・宗矩に反発する。宗矩は、長男の十兵衛ではなく、弟・友矩と宗冬を可愛がる。旧知の沢庵和尚と宗矩の妻・おりんは、それが、天賦の剣の才を持つ子・十兵衛への嫉妬だと気づいていた。
“父と子の戦い”それは、まさに十兵衛と家光の生涯でもあった。
しかし、十兵衛、家光、忠長、妹のまさこ和子は、そんな大人たちの思惑とは別に、屈託無く青春時代を送っていた。
主従の関係を超え固い絆で結ばれた家光と十兵衛は、お互い自由に己の道を貫いていこうと誓い合う。
大坂夏の陣が終わってまだ1年余り。徳川の世とはいえ、侍たちは殺伐としていた。
家康の三河時代から仕えてきた家臣「旗本」と、関ヶ原の戦い以降に徳川方に付いた「外様大名」は犬猿の仲であり、強い確執があった。
旗本の重鎮・大久保彦左衛門は、この確執を心配していた。
そんな中、上州高崎の安藤家の家臣・河合半左衛門が同僚を斬り、偶然通りかかった池田忠雄の大名行列に逃げ込む事件が起こる。外様大名の池田忠雄は、家康の外孫であり、若干16歳で備前岡山31万石に出世したばかり。奢り高ぶっていた忠雄は安藤家からの半左衛門引き渡しの要求を退け、そのまま半左衛門を引き取ってしまう。
このことが後の“天下騒乱”のもととなる大事件に発展していくのだった。
家光は、三代将軍になった。しかし、その実権は父・秀忠が握り、母・お江与は駿河大納言に叙せられた弟・忠長を将軍にしようと画策しており、家光は悩んでいた。利勝は、幕府のため、家光のために、歯向かう大名を次々と潰し、政敵・本多正純を“宇都宮釣り天井事件”で失脚させる。それは鬼の所業であった。そんな利勝の辛さを理解する春日の局は、共闘を誓う。
十兵衛は、父親に反発しながらも、宗矩の命に従い、隠密行動を強いられる。それは、人を斬ったことのない十兵衛と家光が、ある夜、出かけた“辻斬り事件”がきっかけだった。将軍のスキャンダルを宗矩がもみ消し、十兵衛は父親に大きな貸しができたのだった。十兵衛を尾行する女忍びの白狐。彼女は宗矩の差し金だが、十兵衛に恋心を抱いていた。
江戸を離れた十兵衛は、柳生の里で一人の男と出会う。男の名は荒木又右衛門。“雨降り又右衛門”の異名をとる剣豪だった。立ち合う二人。剣一筋に生きる又右衛門の純粋さ、人間の大きさに触れ、十兵衛は自分の進む道を見出す。
「親父・宗矩ではなく、俺は、お主のような剣士になりたい！」
近隣諸藩を巡り、情勢を探る旅先で、十兵衛はある娘に出会う。娘の美しさに心を奪われるが、彼女は、みねと言い、又右衛門の許婚だった。又右衛門とみねの祝言が、華やかに行われる。大和郡山の松平忠明に仕官が決まった又右衛門にとって、幸せいっぱいのひと時であった。
やるせない十兵衛だったが、すぐに、十兵衛と又右衛門は、熱い友情で結ばれる。
しかし後に、又右衛門の身に、天下を揺るがす大事件を収める大役が回ってこようとは誰も想像できなかった。
河合半左衛門は池田家で養われていたが、その息子の河合又五郎が池田家の家臣・渡部源太夫を斬り殺す事件が起こる。又五郎を慕う若狭（結里）は「私のためにも生きて」と又五郎を逃がす。池田家の追っ手から逃れ、江戸に逃げた又五郎は、大禄を持つ外様大名を嫌う、江戸の旗本達に匿われてしまう。面白がって匿ったのは、十余年前の因縁、高崎安藤家の縁戚だった･･･。
池田家と旗本達は又五郎引き渡しについて互いに譲らず、ついには池田忠雄と姻戚関係にある仙台の伊達政宗、阿波の蜂須賀蓬庵が池田家に合流。江戸中の旗本衆（旗本八万騎）も集まり、一触即発の事態に･･･。
かくして、「又五郎事件」は、単なる又五郎対渡部家の「個人」対「個人」から、「旗本衆」対「外様大名」の争いの様相を呈していく。
旗本の策略に嵌り、又五郎の身柄は取り返せず、半左衛門の身柄も奪われた忠雄は、「河合又五郎の首をわが墓前に供えよ。備前３１万石を捨てても悔いなし」と遺言を残し、亡くなる。
世論は判官びいきで、皆「又五郎、討つべし」の声が大きい。
そして、何も動こうとしない、源太夫の兄・渡部数馬と姉・みねの夫・荒木又右衛門にも非難の声が上がった。
剣に生き、妻と子供との静かな生活を望んでいた又右衛門は、主君・松平忠明への“忠”もあり、仇討ちに立つべきか悩む。
この混乱に乗じて、お江与は、利勝の失政を突き、家光の替わりに忠長を将軍にと、画策する。諸藩の大名と密通し、着々と忠長派閥を築いていく。しかし、利勝は、秀忠を説得して、忠長を駿河から配流処分にする。忠長は天下泰平のために“生贄”になったのである。
又五郎には、叔父の河合甚左衛門、又五郎の妹・八重の夫で、“霞の半兵衛”の異名をとる槍の名人・桜井半兵衛がつく。さらに旗本から腕の立つ助っ人が送り込まれた。
土井利勝は又右衛門と数馬を江戸に呼び、
「その方が又五郎を討つことはもう私事ではない。天下百年の太平を築くための一挙。心に銘じ、俗念を捨てよ。天下万民の安寧のため、命、この利勝にくれ」と頭を下げた。
主君・松平忠明に、退身届けを出す又右衛門と甚左衛門。
良き同僚で剣士として互いに認め合い、尊敬しあってきた二人･･･。
「これも時の運。潔く敵になろう」と、一献傾け、誓い合い別れる。
十兵衛は、みねに呼び止められる。
みねは、弟の仇は討って欲しいが、子供たちのためにも、又右衛門に仇討ちをして欲しくは無いという。たとえ成功しても、その先にあるのは、…死。
だが、又右衛門はすでに決意を固めていた。「弟・数馬に加勢するのは、武士の義である。よって、立たねばならぬ」。
みねは、「つまらぬ戯言で、十兵衛様を悩ませた私が間違いでした･･･私は、荒木又右衛門の妻として、子供たちと共に生きて行くつもりです。」ときっぱり言う。
見つめ合う二人。その姿を遠くから、寂しげに見つめる白狐の姿があった。
すぐにでも討ちたいと気負う数馬を、又右衛門は鍛える。
「これは、旗本どもが外様大名池田に仕掛けた戦なのだ。これが義の戦であると天下に示すため、負けてはならぬ。いたずらに死を急がず、ここで剣の道に励め」
十兵衛は、この戦いを止めるべく奔走する。「この戦いは誰も望んではいない。だが、互いに武士の意地。得のない義に殉ずるのが武士」。又五郎を、御三家のひとつ、水戸家に仕官させれば、旗本も外様大名も手を出せない。しかし、又右衛門、甚左衛門の強い意志を知り、もはや正々堂々と戦わせるしかないと自分に言い聞かせるのだった。
河合又五郎と甚左衛門は、偽の隊を作り、相手の目をくらまし、三隊が別々の道を行く作戦に出た。又右衛門と十兵衛は、伊賀街道を行く一隊を本物と見破り、先回りして機会を待つ。共に頭脳と心理を使っての激しい戦いが始まった。
――彼も武士、我も武士。
奈良から、伊賀上野へ至る伊賀街道の途中、『鍵屋ノ辻』を、又右衛門は決戦の地と決め、襲いかかる。その裏で、旗本が放った暗殺団と戦う十兵衛。
死闘の末、甚左衛門、桜井半兵衛を倒す又右衛門。
そして、数馬と又五郎の死闘は6時間も続いた。重傷を負いながらも数馬は又五郎を討ち取る。
利勝と宗矩は、池田家・家老の荒尾志摩に、二人の決断を下す。
「渡部数馬と荒木又右衛門の両名、武士の本分を尽くした。よって因州鳥取・池田家に差し戻す。亡君・忠雄の霊前にて、忠臣義士の終りを報告せよ。・・・よいか、長生きさせよ」
十兵衛は喜び、すぐに又右衛門の妻・みねのもとへ行く。それを聞いたみねは、急ぎ鳥取に向かう。
一方、配流されていた忠長が、自害した。母・お江与の画策した謀反計画が判明し、観念したのだった。それを知ったお江与の顔色が変わった。懐剣を取り出し、息子の後を追おうとする。それを春日の局が止める。「あなた以上に辛く思っている方がいます」。現れた家光を見て、涙を流すお江与。ともに歩みより、手を取りあう母と子。
鳥取に向かう、数馬と又右衛門の行列は、大名行列を凌ぐ美しさで、沿道は多くの見物人で賑わう。
亡き忠雄の位牌に報告する数馬と又右衛門。数馬は宴に招かれ、又右衛門が独り居るところに家老の荒尾志摩が訪ねた。「武士の本分は、償いは命を持ってするもの。なぜに又五郎を討ったその場で、腹を切らなんだか・・・利勝殿は、数馬とそちに、長く生きさせるよう、心配せよと仰せられた。それは暗に･･･」と告げ、志摩は深々と頭を下げ、去っていく。
又右衛門は、庭に畳を下ろし、「みね、さらば･･･」腹を切る。
みねと十兵衛が、屋敷に着く。そこには“義”に殉じ、争いの連鎖を絶つべく自害した又右衛門が横たわっていた。みねは悲鳴を上げる。
「なぜだ！・・・これが・・・父の望むことなのか！」十兵衛は叫んだ。
荒木又右衛門の死は、江戸城にも届く。
利勝は、「惜しい侍を失ったのう」と呟く。それに宗矩は答える。
「尊い犠牲ゆえに、これで旗本も静まり、天下騒乱は免れました」
すべてを悟った十兵衛は、父・宗矩の元へ駆けつける。初めて真剣で立ち会う父と子。病に冒された父は息子に、「柳生家のため。利勝どのの言いなりになる他なかった…」。
これまでのあらゆる卑怯な策略、陰険な奸計は、全て土井利勝の仕業だった。
悪の大本は、十兵衛がひそかに尊敬していた土井利勝だった！
江戸城で、十兵衛は利勝と対決する。
「父の跡を継いで、右腕として働く気はないか？」と笑顔で問う利勝。
「お断り申す。柳生家は、元来、剣の家門。柳生十兵衛は、剣の道に生きます！」
十兵衛はキッパリと言う。
澄み渡った青空の下、十兵衛は、無限の可能性のある明日へ駆け出した･･･。さしもの権勢を誇った利勝も、幕閣は若年寄・松平信綱の時代に移り、そこにはその地位を追われつつある利勝の寂しげな姿があった。
幕府安泰と平和のために悪を為し遂げた土井利勝。
壮絶な戦いの末、義に生き、天下騒乱の芽を自らの死で絶ち切った荒木又右衛門。
剣に生き、自由の道へと進もうとする柳生十兵衛。
“天下騒乱”を防いだ、三人の武士たちの戦いが終わった･･･。
